公元2999年12月31日，在这个千禧之年，举世翘首以盼新年的到来。然而幽能爆发，令这个快乐的日子变得死寂，无数人死在这场灾难，进而转化为代号“幽鬼”的怪物，它们数量繁多，不惧生死，感染性极强，普通武器几乎无效，人类数千年的文明几乎毁于一旦。这时“星黎”横空出世，这个跨国组织凭借其特殊技术为人类保留下最后的火种。为了人类的延续，星黎从残存的人类中选拔出一些对幽能适应性较强的人，称其为适格者，开展了“火种计划”
公元3050年，亚洲小规模幽能爆发，第一幽帝——灵帝诞生，拥有操纵植物力量的它远超已知最强的皇级幽鬼，且拥有自我意志，并不像普通幽鬼仅凭直觉战斗。为了讨伐灵帝，星黎派出3位ss级，10位s级及50位A级适格者。最终灵帝被讨伐，但星黎也损伤严重，63位适格者仅有一位ss级3位A级适格者返回星黎总部，其余全部牺牲。
经次一役，星黎内部分化为两派，一派为拯救派，主旨与先前相同；另一派为进化派，他们奉称幽鬼是人类的进化体，其中失去意识的不过是旧时代的残渣，而灵帝则是进化成功的新人类。两派攻伐不休，最终于3055年人数较少进化派被赶出星黎，从此不知所踪。于同年，星黎宣布使用幽历纪年。
幽历25年，欧洲幽能爆发，第二幽帝——天帝诞生，其拥有操纵大气的力量，但星黎刚刚摆脱第一幽帝带来的损失及进化派脱离的影响，顶尖战力不足，仅仅依靠圣痕者艾尔维特无法消灭天帝，随着战火的扩大，自知实力不足的艾尔维特请求发射终极武器“黎明”，最终圣痕者艾尔维特及前去镇压的83位适格者同天帝一起阵亡，天帝死后其幽核分裂四份，因战力缺失，回收时其中一份被一个号称“黄昏”的神秘组织抢走。
此事给星黎敲响警钟，更加注重适格者的培养。根据圣痕者艾尔维特留下的数据开展“圣痕计划”研发人造圣痕。圣痕被称为神之恩赐，可以最大程度免疫幽能的侵蚀，并通过幽能吸收强化自身或释放幽能进行攻击。人造圣痕通过对圣痕的模拟来达到一定的效果，但人造圣痕仍有很大的局限性，虽能减少侵蚀是的但由于人体与幽能不兼容导致寿命缩短，几乎很少有人活到40岁。不过圣痕大大加强了生存率，在与幽鬼的对抗中人造圣痕技术也逐渐成熟，一切似乎都向好的方向发展。
但，越来越多的古代遗址的发掘，从中获得的信息告诉所有人一切没那么简单。
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本章完