TPC正在研究用太阳光发电的系统,从而实现无限制地获取清洁能源的目标,但同时也指明,这种系统只不过是人类为了让自己获得更多便利而开发的,对于地球上其他生物究竟有没有影响,旁白没有在细说,而是把画面给到了大气层中的一团乌云,乌云中的生命体——克里特人似乎正在蠢蠢欲动,预示着故事即将围绕着克里特人展开。新城和大古正驾驶胜利飞燕一号在久良良群岛上空巡逻,突然,飞机受到异常电磁波的干扰,二人还没来得及稳住飞机,胜利飞燕号便坠入了海中,坠机二人组开场不久便上演了坠机秀。
基地内,新城妹妹真由美正在走廊上奔跑,样子似乎非常焦急。这时,新城和大古迎面走来,两人虽然遭遇了坠机,但所幸没有大碍,新城腿部受伤柱起了拐杖,而大古手臂受伤被缠上了绷带。
看到两人都相安无事,真由美又恢复了少女的活泼,像之前在游乐园里那样开起了新城的玩笑。
新城与真由美坐在长椅上攀谈,新城虽然是个热血青年,但也有着柔软的一面,对待妹妹相当用心。
这时,真由美向新城透露了关于男友拓摩的事情,拓摩正乘坐飞机回日本参加摩托车比赛,并准备约新城见面。当听见未来的妹夫想见自己时,新城表现出了跟所有哥哥对待妹夫时的那股醋意,新城对准妹夫的突然约见不知所措,吞吞吐吐地回了一句“拓摩很不错”。而真由美默认了新城已经答应与未婚夫见面,兴高采烈的去接机了。
真由美走后大古托着饮料走了过来,新城仍未从拓摩的事回过神来,他开始向大古吐露作为一个哥哥的苦恼,看着曾经在自己的保护下长大的妹妹即将投入另一个男人的怀抱,作为哥哥的心里肯定不是滋味。
这时,丽娜传来信息:飞来日本的国立杠航空206号班机在天上失联。当听到国立刚航空时,新城内心产生了一丝不安。
天上,206号班机正在天空中飞驰,而远处一团乌云正向飞机飘来。机舱中的拓摩向乘务员确认飞机是否会准时降落,在得到肯定回答后,拓摩掏出了一个吊坠,里面放着真由美的照片,照片中的真由美流露着灿烂的笑容,拓摩端详着真由美的照片,露出了甜蜜的笑容,他马上就能和未婚妻见面了。
突然,飞机发生异常的震动,原来飞机飞入了那团神秘的乌云中,机舱内的乘客开始躁动不安,乘务员急忙安抚乘客的情绪。拓摩明显有一种不详的预感,他双手握紧吊环,一团光把他覆盖住。
大古和新城返回了司令室,大家向二人说出了飞机失联的真相,一切又是加佐特搞的鬼。宗方下令准备出动迎击加佐特,这时,新城不顾伤病主动请缨出战。大古对新城的表现非常不解,他上前追问新城,新城告诉大古,206号航班正是真由美男友拓摩乘坐的航班,他不想再看到真由美伤心,所以他誓死也要阻止加佐特的暴行。
而真由美正驱车疾驰在去迎接未婚夫的路上,她已经无法掩饰内心的喜悦。加佐特从云团中冲出,它的力量比之前更加强大了,新城与大古驾驶者一号机赶到,并与加佐特发生了交火。
司令室内,众人也开始对加佐特和克里特人进行更进一步的探讨,加佐特之前被打败后已经回到了电离层,但之后人类对电磁波的问题仍未能找到合适的对策,所以克里特人又受到了影响,于是重新回到地面报复人类。而这一次,它即将降落在片头介绍的太阳发电实验设施附近,一道设施遭到破坏,东京将会毁于一旦。事态已刻不容缓,宗方马上制定了策略,众人出发迎击加佐特。
真由美望夫心切,不顾TPC的阻拦,闯入了加佐特即将着陆的危险区域,加佐特携带有巨大的等离子能量,所到之处能使一切靠电磁波驱动的机械发生故障停止运行,真由美的汽车也被等离子干扰而失去了动力。
加佐特以极其震撼的方式着陆,它一着落便大肆进行破坏,首当其冲的便是真由美,新城和大古驾驶着装载了微波诱导装置的夏洛克巡逻车赶到吸引了加佐特的注意。这时,他们发现了倒在地上的真由美,正当他们准备上前营救时,巡逻车受到了等离子能量的干扰瘫痪了,形势变得异常凶险。
这时,远处一名男子驾驶着一辆黑色摩托车赶来,他主动提出由他引开加佐特,让新城和大古去营救真由美。大古为男子的摩托车装上了微波诱导装置,男子敦促新城赶快去救真由美,此时,新城认出了男子就是真由美的未婚夫拓摩,但拓摩没有多说什么,启动了摩托车疾驰而去,加佐特被微波吸引,开始转向去追击拓摩。
新城趁此机会救走了真由美,他们怎么也不会想到,会以这样的方式和拓摩见面。加佐特步步进逼,拓摩危在旦夕,大古为了掩护拓摩,躲到暗处变成了迪迦与加佐特展开战斗。
加佐特比之前更加强大,迪迦陷入了苦战,最后凭借强力型消灭了加佐特。
加佐特被成功消灭,弥漫的等离子能量也开始消散。这时,一阵薄雾飘来,在雾中,拓摩驾驶
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